政策性搬迁是指由于社会公共利益的需要，在政府主导下企业进行整体搬迁或部分搬迁，其不同于商业搬迁和自行搬迁，在这种搬迁中企业的经济利益往往受损，需要给予其特殊的税收政策，予以照顾。此前的国税函[2009]118号文件的基本规定是，政策性搬迁收入准予搬迁或处置收入扣除固定资产重置或改良支出、技术改造支出和职工安置支出后的余额，再计入企业应纳税所得额，且新购置的固定资产依然可以计提折旧在税前扣除。重置固定资产，一方面可以抵扣搬迁处置收入，另一方面还可以继续计提折旧，这种政策带有“免税收入”优惠的因素，优惠力度很大，但是也引起了很多所谓的“税收筹划”，侵蚀了税基。40号公告，重新设置了政策性搬迁政策，其最大变化是取消了重置固定资产可以在搬迁收入中扣除的规定。
      40号公告主要从三个方面设置优惠政策：一是，解决搬迁期间收入与损失年度不均衡，采用最多5年时间统算方法纳税。例如：第一年收到补偿收入2亿元，第二年支付搬迁费用2亿元。就会形成前期盈利，后期亏损。为解决该问题，40号公告参照了“土地增值税”按项目进行核算的理念，将搬迁期间的收入、成本等单独核算，最多在5年的时间内统算，部分解决了这个问题。二是，搬迁期以前亏损、搬迁期间亏损及搬迁完成时亏损的处理问题。
      搬迁期以前亏损，由于搬迁期过长，会超过5年弥补亏损期，因此办法规定在搬迁期内可以停止计算弥补亏损年限；如果搬迁完成年度计算出来的搬迁损失过大，预计在未来5年内无法弥补完毕的，还可以再递延3年计算亏损。需要注意的是：搬迁完成年度以前的亏损，在搬迁完成年度应当计入弥补年限，不允许再进行延长。三是，采取土地置换方式的，可以按照原土地加上相关税费确认新土地的入账价值。例如：土地历史成本为1亿元，储备中心收储购买价格为5亿元，采取了在郊区置换一块价值5亿元土地的方式进行土地置换。此时如按一般税法原理，企业在土地被收储时，应按公允价值确认4亿元所得，同时按照5亿元确认置换土地的入账价值，未来进行摊销。40号公告采取了不确认4亿元所得，同时置换土地按照原土地历史成本1亿元作为入账价值的做法，企业得到了税款递延的利益。